Основу структурной организации ВШОЗ составляют кафедры и ресурсно-информационный центр. Основные направления деятельности кафедр: учебная, научная, участие в международных проектах, экспертная и консалтинговая. Профессорско-преподавательский состав ВШОЗ состоит из 26 преподавателей, в т.ч. 8 докторов медицинских наук, 4 из них имеют звание профессора, 7 кандидатов медицинских наук, в т. ч. 4 доцента, а также ученых и специалистов, привлекаемых из других организаций и учреждений.
Материально-техническая база ВШОЗ за последние годы значительно расширилась - Школа уже имеет 10 учебных классов и аудиторий, что позволяет одновременно обучать 200 человек, локальную сеть с 3-мя компьютерными классами, оснащенных 30-ю компьютерами, 32 компьютерами на кафедрах и подразделениях, и высокоскоростным выходом в Интернет. Учебно-информационный центр имеет копировально-множительное подразделение, позволяющее выпускать учебно-методические материалы, сборники и специализированный Центрально-азиатский журнал по общественному здравоохранению. Вспомогательное учебное оборудование и новейшие технологии, как проектор LCD, веб- и видеокамеры, аудио-визуальная техника помогают в процессе подготовки необходимых учебных материалов и проведении учебных занятий. Кроме доступа к Интернет ресурсам, преподаватели и слушатели ВШОЗ, имеют библиотеку с современной учебной, учебно-методической, научной литературой и электронной базой данных, на казахском, русском, английском языках, что способствует эффективной подготовке к занятиям.
В перспективе, ВШОЗ будет продолжать выполнять основную функцию в качестве образовательного центра, и одновременно будет усиливать научно-исследовательскую работу. Также, ВШОЗ видит расширение своей деятельности (обучение и переподготовка) посредством применения дистанционных технологий и уже начал внедрять экспериментальные курсы дистанционного обучения. В ближайшем будущем, ВШОЗ будет более активно сотрудничать с регионами Казахстана и Центральной Азии, так как сектор здравоохранения в Центральной Азии, является очень динамичной средой и встает острая необходимость создания в этих странах самодостаточных источников образования, которые могли бы взять на себя ответственность по подготовке профессионалов нового типа и удовлетворение спроса на подобное обучение.
